第一屆有12支球隊參加。在中超成立之初，由於硬件設施不能達到中國足協所制定的中超准入標準，遼寧隊的參賽資格曾引起過很大爭議。
首兩屆暫停降級製度以便擴充球隊數量，2006年起恢復「升二降二」的升降級製度（但由於2006年四川冠城解散、2007年上海申花與上海聯城合併、2008年武漢光谷退出、2012年大連實德解散，2019年天津天海解散以及2024年滄州雄獅解散，故這六年實際都只實行「升二降一」，即從中甲中升兩隊，降一隊到中甲）。2020、2021、2022年中國足球聯賽系統因疫情採取賽會製，2022年中超聯賽第11輪起恢復主客場制，2020年實行「升1.5、降1.5」製度（但由於該賽季冠軍江蘇蘇寧解散，故「升一降〇」），2021年實行「升2+0.5+0.5、降0.5+0.5」製度（但由於該賽季重慶兩江競技與青島解散，故「升四降〇」），2022年擴軍至18支球隊，實行「升三降三」製度（但由於該賽季廣州城、武漢長江、河北與中甲冠軍崑山解散，故「升二降一」），2023年恢復至16支球隊「升二降二」製度（但由於該賽季大連人與深圳解散，故「升二降〇」）。
2006年4月，為進一步完善中國足球產業的市場化進程，中國足球協會與所有中超聯賽參賽俱樂部共同出資成立了中超聯賽有限責任公司負責運營中超聯賽。中國足球協會出資72萬元，持有中超聯賽36%的股份，是中超聯賽有限責任公司第一大股東[2]。
2007年由於上海聯城和上海申花的合併，總共有15支俱樂部隊參加2007賽季中超聯賽。2008年，第一次有16支隊伍參加中超聯賽，但是於10月初，武漢光谷因稱中國足協違反程序對其進行不公處罰而退出中超聯賽。
因為國家隊長期成績不佳，加上中國足球各級聯賽均存在管理腐敗，賭球成風問題，2009年後已經引起了中華人民共和國中央領導的關注，包括習近平，劉延東等黨和國家領導人分別在不同場合提到中國足球問題以及親身參與中國足球的會議。2009年11月中華人民共和國公安部展開中國足壇反賭風暴行動，大範圍打擊抑制足球發展的賭球行為。
2012年中國足球超級聯賽十六支球隊單賽季投入超過30億人民幣（約5億美元），為歷屆最高；一些財力雄厚的球隊亦網羅瞭如德羅巴、阿內爾卡、凱塔、羅申巴克、卡努特、雅庫布、巴里奧斯等球星，中超自賭球風波後再次開始被中國國內社會甚至世界球壇所關注；而2012年全年的票房亦為2004年中超成立以來最高。
2013年中國足球超級聯賽初期，雖然阿內爾卡，德羅巴離開分別加盟尤文圖斯和加拉塔薩雷，但中國足球超級聯賽依舊吸引了埃爾克森、米西莫維奇、瓦羅、斯基亞維、托蘭佐、勒夫等球星的加盟。
2014年中國足球超級聯賽亦吸引了蒙蒂略、迪亞曼蒂、吉拉迪諾、比亞特里（英語：Lucas Viatri）、漢克、德揚 、胡斯蒂等大牌球星加盟。而且2014賽季中超各俱樂部的總收入突破20億元，創下中超歷史新高。另外中超上座率高居亞洲第一。但在同時，各俱樂部收支失衡，經營模式仍不具備可持續發展性。直至2014賽季中超聯賽結束時，各俱樂部總體仍處於虧損狀態，只有5家俱樂部實現盈利，分別是廣州恆大、貴州人和、上海上港、上海申鑫以及廣州富力[3]。為長遠發展，16支中超球隊也會投資興建自己球會運動場及足球場。
2015年中國足球超級聯賽又有卡希爾、塔爾德利、阿蘭、高拉特 、帕帕多普洛斯、羅比尼奧、保利尼奧、吉安、登巴·巴 、薩利霍維奇、古德約翰森、穆罕默德·西索科等大牌球員加盟。據權威機構統計，2015年中國足球超級聯賽在冬季和夏季的引援投入均歷史性的排行世界第二，僅次於英格蘭足球超級聯賽。
2016年中國足球超級聯賽，拉米雷斯、傑克遜·馬丁內斯、伊爾馬茲、奧古斯托、瓜林、馬丁斯、特謝拉、若、拉維奇、卡庫塔、姆比亞 、熱爾維尼奧、 耶拉維奇等大牌球員在賽季初加盟，夏季轉會更是引進了胡爾克、佩萊、帕皮斯·西塞、扎哈維、安東尼烏查（英語：Anthony Ujah）等大牌球員。
2017年中國足球超級聯賽，雖然受到U23及外援新政的影響，但並不妨礙各家俱樂部繼續引進大牌球員，奧斯卡、特維斯、帕托、米克爾、維特賽爾、埃爾納內斯、伊哈洛、羅比·克魯澤、卡瓦略、索裏亞諾 、卡斯特羅、蘇亞雷斯、穆坎喬、瓦茲特、莫德斯特等陸續加盟中超聯賽，其中奧斯卡的轉會費高達6000萬歐元，成為中超聯賽歷史標王。
2018年中國足球超級聯賽，馬斯切拉諾、帕萊塔、巴坎布、比埃拉、費爾南德多、卡拉斯科、蓋坦、豐特、奧蘭多·薩、保克耶、巴斯迪安斯、卡拉（英語：Cala (footballer, born 1989)）等球員在賽季初加盟，夏季轉會更是引進了埃德爾、塔利斯卡、格德斯、托希奇、佩伊西諾維奇等大牌球員。
2019年中國足球超級聯賽，哈姆西克、費萊尼、瓦格納、穆薩·登貝萊、巴普蒂斯唐、阿魯科、保定（英語：Emmanuel Boateng (footballer, born 1996)）、塞尔纳斯、姆本格（英語：Cheikh M'Bengue）等球員在賽季初加盟，夏季轉會更是引進了沙拉維、阿瑙托維奇、龍東、米蘭達、山迪尼、費蘭度等大牌球員。
2019中國平安中國足球協會超級聯賽開幕式以及火神盃
2020年中國足球超級聯賽開始，新簽外援工資不得超過稅後300萬歐元，外籍球員2020年1月1日後簽訂的合同為新合同。中超公司將由各家俱樂部組建的中國足球職業聯盟負責運營，中國足球職業聯盟主席將由16家俱樂部提名和選舉產生，中國足協不再持有中超公司股份並退出中超公司管理[4]。
2021年中國足球超級聯賽-2023年中國足球超級聯賽，俱樂部外籍球員單賽季個人薪酬不得超過稅前300萬歐元，俱樂部外籍球員單賽季薪酬總額不得超過稅前1000萬歐元。
2024年1月3日，中國足協決定有條件接受職業俱樂部的異地遷移，允許俱樂部在2024-2028賽季對所屬球隊冠名。[5]